Merikanto war der Sohn von Liisa Häyrynen und dem bekannten romantischen Komponisten Oskar Merikanto. Seine Kindheit verlebte er im finnischen Vilppula. Er studierte Musik zunächst bei Erkki Melartin in Helsinki (1911), und von 1912 bis 1914 am Konservatorium Leipzig bei Max Reger. Reger nannte ihn scherzhaft Meister Quinte (wegen seiner Verteidigung paralleler Quinten), hielt aber viel von ihm und unterstützte 1914 die Verleihung eines der beiden Konservatoriumspreise für Komposition an seinen Schüler. Im Winter 1915/1916 studierte Merikanto für 4 Monate in Moskau bei Sergei Vasilenko. 1919 heiratete er Meri Grönmark. 1937 wurde er Lehrer für Theorie und Komposition an der Sibelius-Akademie Helsinki. 1951 erhielt er dort eine Professur für Komposition. Zu Merikantos Schülern gehören u.a. Einojuhani Rautavaara und Aulis Sallinen.

In den 1920er Jahren entwickelte Merikanto einen radikalen Stil, der expressionistische Züge mit einer höchst farbigen Instrumentation verbindet (teilweise mit Anklängen an Alexander Skrjabin oder Karol Szymanowski). Später milderte er diesen wieder ab. Viele Werke erlebten erst nach dem Tod des Komponisten ihre Uraufführung.

Merikanto schrieb auch die Fanfare für die Olympischen Spiele 1952 in Helsinki.