Masahiko ist ein Student in Tokio, der als Nebentätigkeit Edelprostituierte für die Yakuza zu ihrem Arbeitsplatz fährt. Eines Tages erhält er einen Anruf über den Tod seiner älteren Schwester. Obwohl er ein gespaltenes Verhältnis zu seinen Eltern hat, fährt er zu ihrem Begräbnis und nimmt als letzte Erinnerung an die Schwester die CD mit, die sich noch in dem CD Player in ihrem Zimmer befunden hat. Als Masahiko sich diese unbeschriftete CD anhört, löst sich seine Seele von seinem Körper und er kann auf sich selbst herabsehen. Obwohl ihn das Erlebnis zuerst erschreckt, beginnt er, sich in diesem Zustand zunehmend zu fragen, was mit seiner Schwester wirklich passiert sein könnte. Masahiko kann wieder in seinen Körper zurückkehren.

Bei Nachforschungen findet er heraus, dass die CD Aufnahmen des Freejazzers Albert Ayler enthält, wobei es sich um bisher unbekannte Alternativersionen bekannter Stücke von ihm handelt. Masahiko unternimmt weitere Versuche der „Astralprojektion“ und kann schließlich seinen Astralkörper immer weiter von sich entfernen. Er begegnet weiterern Astralreisenden, was in ihm die Frage aufwirft, ob seine Schwester noch am Leben, wenn auch nicht in ihrem Körper, sein könne.

Der Manga erschien in Japan von der April-Ausgabe 2004 bis zur März-Ausgabe 2007 in Einzelkapiteln im Manga-Magazin Comic Beam, in dem zu dieser Zeit beispielsweise auch Kaoru Moris Emma – Eine viktorianische Liebe und Yuji Iwaharas König der Dornen veröffentlicht wurden. Der Enterbrain-Verlag brachte diese Einzelkapitel nach der Erstveröffentlichung im Magazin auch in Sammelbänden heraus, von denen insgesamt vier erschienen.

Astral Project wird auf Französisch beim Casterman-Verlag im Label Sakka herausgegeben. Eine deutsche Übersetzung des ersten Bandes liegt seit Juni 2007 bei Carlsen Comics vor; der Verlag hat auch die Veröffentlichung der anderen vier Bände angekündigt.