Seine erste musikalische Unterrichtung erhielt er in Danzig; als seine Lehrer sind hier vor allem Paul Siefert und Christoph Werner zu nennen. 1648 (Bestallungsdekret vom 1. August 1649) wurde er Sänger an der Dresdner Hofkapelle. Um 1650 unternahm er eine einjährige Reise nach Italien. Hier machte er die Bekanntschaft mit Giacomo Carissimi, dem Kapellmeister am Collegium Germanicum in Rom. Nach seiner Rückkehr wurde er 1655 zum Vizekapellmeister in Dresden berufen. Diese Position bekleidete er bis 1664. 1656 begab er sich ein weiteres Mal nach Italien, diesmal für neun Monate.

Im Jahre 1664 übernahm er die Position eines Musikdirektors und Kantors an der Johannisschule zu Hamburg. Hier trat er die Nachfolge von Thomas Selle an.

1674 ging er zurück nach Dresden, übernahm wiederum das Amt des Vizekapellmeisters und wirkte darüber hinaus als Erzieher und Musiklehrer der Prinzen am dortigen Hof. 1680 wurde er zum Hofkapellmeister ernannt.

Christoph Bernhard gilt als Meisterschüler von Heinrich Schütz. Von diesem erhielt Bernhard beispielsweise den Auftrag, für seine (Schütz´) Beerdigung eine Motette zu komponieren. Des Weiteren schuf er eine Begräbnismotette für Johann Rist. Weiterhin zählen Lieder, Arien und Kirchenmusik zu seinen Werken.

Bernhard ist der Verfasser bedeutender Musiktraktate. In ihnen werden vor allem die Themen Kontrapunkt, Moduslehre, Verzierungs- und Figurenlehre sowie die Stillehre behandelt. Sie gelten als Spiegelbild der Kompositionslehre von Schütz.

Bernhard veröffentlichte vier musiktheoretische Schriften, von denen weder das Entstehungsjahr, noch auch nur die Reihenfolge der Entstehung bekannt sind: