Christoph Hein wuchs in der Kleinstadt Bad Düben bei Leipzig auf. Da er als Sohn eines Pfarrers kein Arbeiterkind war und er keinen Platz an einer Erweiterten Oberschule bekam, ging er bis zum Mauerbau auf ein Westberliner Gymnasium. Nach dem Mauerbau arbeitete er als Montagearbeiter, Buchhändler, Kellner, Journalist, Schauspieler und Regieassistent. 1964 legte er sein Abitur an der Abendschule ab. In Berlin und Leipzig studierte er zwischen 1967 und 1971 Philosophie und Logik. Danach wurde er Dramaturg und Autor an der Volksbühne in Ost-Berlin. Seit 1979 arbeitet er als freier Schriftsteller.

Bekannt geworden ist Christoph Hein durch seine sehr erfolgreiche Novelle Der fremde Freund, die 1982 in der DDR veröffentlicht wurde und in Westdeutschland 1983 aufgrund des Titelschutzes als Drachenblut erschien. Sein erfolgreichstes Stück Die Wahre Geschichte des Ah Q wurde 1983 publiziert. Als Übersetzer bearbeitete er Werke von Jean Racine und Molière. Von 1998 bis 2000 war Christoph Hein erster Präsident des gesamtdeutschen PEN-Clubs. Er war bis Juli 2006 Mitherausgeber der Wochenzeitung Freitag. Christoph Hein hat mit seiner inzwischen verstorbenen Ehefrau, der Filmregisseurin Christiane Hein [1], zwei Söhne, der jüngere ist der Schriftsteller und Arzt Jakob Hein. Hein ist Mitglied der Sächsischen Akademie der Künste.

Am 8. Oktober 2004 bestätigte der Berliner Kultursenator Thomas Flierl, dass mit Christoph Hein Vertragsverhandlungen über die Intendanz des Deutschen Theaters geführt werden. Hein soll das Theater ab der Spielzeit 2006/2007 übernehmen und somit Nachfolger von Bernd Wilms werden, dessen Vertrag nicht verlängert wurde. Am 29. Dezember 2004 gab Hein nach zahlreichen Kritiken aus der Theaterwelt und der Presse auf einer Pressekonferenz bekannt, dass er das Amt des Intendanten 2006 nicht antreten werde.

Christoph Heins Roman Willenbrock wurde 2005 von Andreas Dresen verfilmt.