Femi is der älteste Sohn des 'King of Afrobeat' Fela Kuti. Er entstammt Felas Verbindung mit der nigerianisch-britischen Remi Taylor, die er während seines Musikstudiums in London heiratete. Kuti wuchs in Nigeria auf. Das Chaos in dem von politischen Unruhen, blutigen Auseinandersetzungen und alltäglicher Korruption geschüttelten Land und der charismatische Einfluss seines Vaters prägten Femi Kutis Entwicklung.

1984 begann er singend und Saxophon spielend dem Beispiel seines Vater zu folgen, als dieser wegen einer angeblichen Devisenaffäre 18 Monate ins Gefängnis musste. Auf Wunsch Felas übernahm er damals die musikalische Leitung des legendären Clubs "African Shrine", der im Stadtteil Ikeja von Lagos gelegen war. Nach Differenzen mit seiner Familie gründete er 1985 seine eigene Band „The Positive Force“ mit der er seit 1988 auch sehr erfolgreich in Europa auftritt.

Die ersten eigenständigen Arbeiten veröffentlichte er in dem Album "No Cause for Alarm", das Ende April 1989 im mondänen Eko Meridian Hotel im besten Viertel von Lagos in Anwesenheit Felas öffentlich vorgestellt wurde.

Im Gegensatz zu seinem Vater hat er eine distanzierte Haltung zu Drogen und vermeidet sexistische Äußerungen, für die sein Vater bekannt war. Seine Drogenverachtung brachte er in dem Song "Search yourself!" deutlich zum Ausdruck.

Fela Kuti verstarb im Jahre 1997 an AIDS, Femi Kuti führt seitdem das musikalisches Erbe seines Vaters fort. Den Tod seines Vaters und seiner jüngeren Schwester Sola (verstarb im Oktober 1997) verarbeitet Kuti im Song „`97“ auf dem Album „Fight to win“.

Kuti nutzt seine Musik, um auf die vielfältigen Missstände des Vielvölkerstaates Nigeria aufmerksam zu machen und seine Landsleute zu mobilisieren. Zur Unterstützung seines politischen Widerstandes eröffnete er im Oktober 2000 den Club „New African Shrine“ in Lagos, Nachfolger des legendären Clubs seines Vaters Fela. Die politischen Aktivitäten des Clubs werden aus Platteneinnahmen finanziert.

Die von Femi Kuti praktizierte Musikrichtung nennt sich Afrobeat und ist durch zahlreiche Blasinstrumente und unverkennbare afrikanische Klänge gekennzeichnet.

In den Musiktexten werden kämpferisch die perspektivlosen Lebensbedingungen in Afrika angeprangert und zahlreiche existentielle Probleme, wie z.B. der hoffnungslose Kampf gegen AIDS oder die rücksichtslose Ausbeutung der Ressourcen durch multinationale Ölkonzerne artikuliert. Wie sein Vater bedient er sich in seinen Texten des weitverbreiteten Pidgin-English, um möglichst viele Menschen im multiethnischen Nigeria zu erreichen.

Seit 2002 lebt Femi Kuti getrennt von seiner Frau Funke mit der einen Sohn Olurinmade (*September 1995) hat. Im Jahre 2006 ist er erneut Vater von 2 Kindern geworden.