Mulligan wurde im New Yorker Stadtteil Queens als jüngster von vier Söhnen geboren, zog aber mit der Familie (der Vater war Ingenieur) häufig um. Er lernte und spielte Ende der 30er Jahre in Schul-Orchestern Klarinette und Tenorsaxophon, außerdem spielte er Klavier. Zum Baritonsaxophon fand er erst 1947 in New York, wohin er 1946 zog. 1943 spielte er mit Charlie Parker und Dizzy Gillespie Tenorsaxophon, als diese Philadelphia besuchten, wo Mulligan für die Band von Elliot Lawrence arrangierte. Er arrangierte danach 1944 zunächst für Tommy Tucker, und war ab 1946 Mitglied in der Band von Gene Krupa (dem er mit „Disc Jockey Jump“ zu einem kommerziellen Erfolg verhalf), dann bei Claude Thornhill. Er nahm zwischen 1948 und 1950 an einigen zentralen Aufnahmen des New Yorker Cool Jazz teil (insbesondere mit dem Capitol Orchestra von Miles Davis, wo er auch für die Hälfte der Stücke der Birth of the Cool-Aufnahmen die Arrangements lieferte), blieb aber ein randständiger Musiker. Anerkennung fand er vor allem als Arrangeur bei Stan Kenton, aber auch bei Kai Winding.

Aufgrund von Drogenproblemen versuchte er 1951 einen Neuanfang in Kalifornien, wo er - als Komponist, Arrangeur und Bandleader - zentrale Impulse für die Herausbildung des West Coast Jazz lieferte. 1951 entstand auch seine erste Platte als Leader (Mulligan plays Mulligan). Sein Spiel mit dem Trompeter Chet Baker im The Haig in Los Angeles 1951/2 machte ihn besonders bei den Studenten populär. 1953 gründet er ein klavierloses Quartett mit Baker (mit unterschiedlichen Rhythmusgruppen, z. B. mit den Bassisten Bob Whitlock bzw. Carson Smith und den Drummern Chico Hamilton oder Larry Bunker), dem zeitweise auch das Altsaxophon von Lee Konitz hinzugefügt wurde. Anders als im Bebop und im Cool Jazz üblich, verwendeten sie ein wesentlich einfacheres melodisches Material. Wie die Themen waren auch die Improvisationen Mulligans und Bakers von einer unüblichen schlichten Sanglichkeit und Eingängigkeit - ohne einen intellektuellen Anspruch aufzugeben. Neuartig war auch eine unakademische kontrapunktische Linienführung nicht alleine bei der Vorstellung und Wiederholung des Themas, sondern auch in den Chorussen der Solisten.

1953 war er wieder wegen Drogen inhaftiert. Als Baker (mit dem er sich privat nie gut verstanden hatte), inzwischen bei Pacific Jazz zum Star aufgebaut, nach seiner Rückkehr eine Gagenerhöhung wollte, trennte sich Mulligan von ihm und ersetzte ihn durch Bob Brookmeyer, später auch durch Jon Eardley und Art Farmer). 1954 hatten sie Erfolge im Pleyel-Saal in Paris und auf dem ersten Newport Jazz Festival (Jam Session mit Eddie Condon). Auch später trat er regelmäßig auf dem Newport Jazz Festival auf, so 1957 und 1958, wo er im Dokumentarfilm Jazz an einem Sommerabend zu sehen ist. 1955 und 1956 macht er aus dem Quartett ein Sextett (mit Brookmeyer und Zoot Sims), mit dem er 1955 erfolgreiche Italien und Frankreich Tourneen unternimmt.

Ab Ende der 50er Jahre schrieb er Filmmusik, zunächst für den Oscar-gekrönten Film „Laßt mich leben“ (I want to live, 1958, Regie Robert Wise, mit Susan Hayward), und nahm eine Serie von „Gerry Mulligan meets“-Platten auf, unter denen die mit Ben Webster (1959) besonders zu erwähnen ist. 1960 gründete Mulligan seine 13köpfige Concert Jazz Band, die auf Platten (bei Verve) und live erfolgreich zur führenden Big Band der frühen 1960er Jahre wird; nicht zuletzt dank der außergewöhnlich raffinierten und ästhetischen Kompositionen eines Gary McFarland. 1965 führt er mit Stan Kenton die von ihm komponierte Music for Bar Sax and Orchestra auf. Im Quartett von Dave Brubeck trat er 1970 bei den Berliner Jazztagen auf, nachdem er mit ihm vorher 1968/9 auf Europa Tour war (mit Brubecks Altsaxophonisten Paul Desmond hatte er schon 1957 aufgenommen). Er arbeitete auch mit ... Mehr in der Wikipedia