Die Band wurde im Frühling 1997 von Mathäus, Markus, Judas, Lukas und Johannes gegründet. Die Pseudonyme sind Anspielungen auf die 12 Apostel. Mathäus, Markus und Lukas waren bereits in den 1980er Jahren als Kinder in einer kirchlichen Jugendgruppe aktiv und musizierten zusammen am Lagerfeuer bei den christlichen Pfadfindern. Nach einer London-Reise im Jahr 1991 begeisterte sich Mathäus für die englische Oi!-Szene und den dazugehörigen Skinheadkult und konnte auch seine Freunde mit der Begeisterung anstecken. Rasch fanden sich mehrere gläubige Oi!-Skinheads und Renees zusammen, die sich die Jesus Skins nannten.

Nachdem der Plan, eine gleichnamige Band zu gründen, schon länger existierte, lernten sie Johannes - ebenfalls ein bekennender Christ und überzeugter Skinhead - kennen, der als Sänger der nun formierten Band fungierte. Im Dezember 1997 trat die Band zum ersten mal auf. Wenig später wurde Judas wegen unchristlichen Verhaltens aus der Band ausgeschlossen und wurde durch Georg als zweiten Sänger ersetzt. Es folgten ausgedehnte Touren in Deutschland und im benachbarten Ausland.

Nach der Single „8 Fäuste für ein Halleluja“ veröffentlichten sie im Jahr 2002 das Album „Unser Kreuz braucht keine Haken“. Der Tonträger beschäftigt sich auf ironische Weise mit der Verbindung von Christen- und Skinheadtum. 2004 entstand eine Split-CD mit Jewdriver. Die Jesus Skins covern alte deutsche Punkklassiker und geben den Texten einen christlichen Anstrich. Unter anderem veränderten sie die Parole A.C.A.B. zu „Alles Christen, alle breit“ und das Lied „Für immer Punk“ der Goldenen Zitronen zu „Für immer Christ“. Bei diesem Lied sind als Gastsänger unter anderem Bela B. von Die Ärzte und Dirk Jora von Slime mit dabei.