Walter Moers lebte nach der Schule zunächst von Gelegenheitsarbeiten, begann dann eine kaufmännische Lehre und brachte sich selbst das Zeichnen bei. Er gilt als öffentlichkeitsscheu, gibt nur wenige Interviews und lässt sich selten fotografieren, was inzwischen eine Art Markenzeichen von ihm ist. Dies hat ihm später auch gewissen Schutz eingebracht: Rechtsradikale schrieben aufgrund der Veralberung Hitlers in Moers’ Werk „Adolf, die Nazisau“ Drohbriefe an Moers.

1988 erschien die erste Geschichte um Käpt’n Blaubär, die seitdem weite Verbreitung im Fernsehen, in Kinderbüchern, Hörspielen und sogar als Musical fand. Eine andere in Buch und Fernsehen (Wolf und Rüffel) bekannte Figur für Kinder wurde das alleswissende Genie Schimauski, das allen möglichen gestellten und nicht gestellten Fragen auf den Grund zu gehen vermag. Schimauski, dann allerdings als Prof. Dr. Abdul Nachtigaller, und Käpt’n Blaubär finden eine komplexe Weiterentwicklung in den für Erwachsene gedachten Zamonien-Romanen.

Moers veröffentlicht seit 1984. Bekannt wurde er zunächst mit cartoonartigen Comics, die sich durch eine ironische Grundhaltung und bewusste Verletzung von politischer Korrektheit auszeichnen. Viele seiner Werke veröffentlichte er damals in den Satirezeitschriften Kowalski und Titanic und (wenigstens einmal) im Raben. Bei Titanic wird er auch heute noch als ständiger Mitarbeiter geführt, 2001/2002 veröffentlichte er dort einige Folgen von Deadman, dem toten Superhelden.

Seine bekanntesten Comicfiguren sind:

In Anlehnung an Käpt’n Blaubär erschien 1999 der erste Zamonien-Roman: Die 13½ Leben des Käpt’n Blaubär. Mit dem Käpt’n Blaubär aus der Sendung mit der Maus hat dieser Roman allerdings nur noch bedingt zu tun. Im Gegensatz zu dem großväterlichen Erzähler aus dem Fernsehen ist Blaubär im Buch noch jung und zielt mit seiner Art von Geschichten auf ein zumindest jugendliches, wenn nicht erwachsenes Lesepublikum ab, das einen ausgeprägten Sinn für feinsinnigen Humor haben sollte. Die besondere Leistung Käpt’n Blaubärs bzw. seiner Lebensgeschichte liegt in den Schilderungen der fiktiven Welt Zamoniens, die, auf eigener Landkarte detailliert vorgestellt, Heimstätte unzähliger Fabelwesen, aber auch genialer Wissenschaftler ist. Diese komplexe Welt voller Ironie und satirischer Querverweise wurde zur Grundlage von bislang vier weiteren Romanen. Sämtliche Illustrationen darin stammen, wie in nahezu all seinen Büchern, vom Autor selbst.

Im zweiten Zamonien-Roman Ensel und Krete tritt erstmals Hildegunst von Mythenmetz als Autor-Figur auf. Walter Moers fungiert hierbei nur als „Übersetzer“ aus dem Zamonischen ins Deutsche. Käpt’n Blaubär kommt nur noch am Rande vor, auch das sich im Titel andeutende Märchen Hänsel und Gretel ist kaum noch wiederzuerkennen.

Im dritten Band der Reihe, Rumo & Die Wunder im Dunkeln, geht es bisweilen recht brutal zu. Zum Beispiel spielen Zyklopen eine Rolle, deren Ernährungsgrundlage aus Lebewesen aller Art besteht, je zappeliger desto besser. Die Beute wird bei lebendigem Leib verspeist. Auch Fechtduelle (die zuweilen an die Tradition des Studentischen Fechtens erinnern), Schlachten und Foltermaschinen werden nicht minder blutig dargestellt. Auch ein großer Bestandteil des Buches ist allerdings eine Liebesgeschichte.

Am 9. September 2004 erschien der vierte Band der Reihe, Die Stadt der Träumenden Bücher, erneut mit Hildegunst von Mythenmetz als zamonischem Autor in der Hauptrolle. Am Ende dieses Buches fordert Walter Moers seine Leser dazu auf, ihm bei der Entscheidung zu helfen, welches Buch er als nächstes aus der zamonischen Sprache „übersetzen“ soll. Zur Auswahl stellt er das zweite Abenteuer von Mythenmetz in den Katakomben von Buchhaim und eines seiner Abenteuer in der Friedhofsstadt Dullsgard. Am 9. September 2005 wurde Moers für Die Stadt der Träumenden Bücher mit dem Phantastik-Preis der Stadt Wetzlar, der mit 4000 Euro dotiert ist, ausgezeichnet.

Der fünfte Band der Zamonien-Romane, Der Schrecksenmeister, ist am 20. August 2007 erschienen. Es handelt sich wiederum um einen Roman von Hildegunst von Mythenmetz, den Moers aus dem Zamonischen „übersetzt“ hat, und der an die Novelle Spiegel, das Kätzchen aus dem Zyklus Die Leute von Seldwyla von Gottfried Keller angelehnt ist.