In der Rechtsprechung einiger Länder wird der Begriff Embryo allerdings auch anders verwendet. So ist die Forschung mit menschlichen Embryonen in etlichen Ländern bis zum 14. Lebenstag erlaubt. Bis zu diesem Zeitpunkt hat sich nach deren Definitionskriterien noch kein individueller Mensch entwickelt, da die Bildung des Primitivstreifens des Zentralnervensystems erst nach dem 14. Entwicklungstag stattfindet. Manche Forscher sprechen daher in den ersten Lebenstagen eines Embryos von einem präembryonalen Stadium oder einem Präembryo, nicht aber von einem echten Embryo. Daraus leitet die Rechtsprechung eine abgeschwächte Verpflichtung ab, das Leben des Embryo bis dahin zu schützen.

Tierische und menschliche Embryonen werden von der Wissenschaft oft für experimentelle Zwecke genutzt. Für die medizinische Forschung werden aus im Reagenzglas durch In-vitro-Fertilisation erzeugte Embryonen embryonale Stammzellen gewonnen, wobei der Embryo im Blastozysten-Stadium zerstört, die Zellmasse aus dem Embryoblasten entnommen und die Zellen in einer Nährlösung kultiviert werden. In einigen Ländern ist auch das so genannte therapeutische Klonen zugelassen, bei dem menschliche Embryos für die Entnahme embryonaler Stammzellen durch Klonen hergestellt werden sollen. Zur Rechtfertigung werden meistens folgende Argumente vorgebracht:

Das österreichische Fortpflanzungsmedizingesetz von 1992 und das deutsche Embryonenschutzgesetz von 1990 erlauben das so genannte therapeutische Klonen nicht. In Deutschland ist allerdings die Forschung laut dem Stammzellgesetz mit vor einem Stichtag im Jahr 2001 erzeugten embryonalen Stammzelllinien erlaubt. In Deutschland wird intensiv darüber diskutiert, ob der Stichtag nicht aufgehoben und damit die Herstellung neuer embryonaler Stammzelllinien freigegeben werden sollte.