Bereits mit 10 Jahren nahm er Klavierunterricht. Sein erstes Bach-Stück, ein Präludium aus dem Notenbüchlein für Anna Magdalena Bach, spielte er zum Verdruss seiner Familie vierzig-, fünfzigmal hintereinander. „Und dann ist es passiert; ich habe kleine Änderungen ausprobiert, das Thema umspielt.“ Diese Eigenart sowie die große Liebe zu Bach behielt Jacques Loussier auch bei, als er seine Geburtsstadt Angers verließ, um am Pariser Konservatorium beim berühmten Yves Nat zu studieren. Es hieß bald, der Fünfzehnjährige besäße alles, um als Starpianist herauszuragen, wenn da nicht diese „Schwäche“ wäre, sich selbst bei Prüfungen nicht hundertprozentig an die Notenvorlage zu halten.

Nach dem Konservatorium tourte er mit rumänischen Zigeunern im Kuba Bastistas, leistete seinen Wehrdienst in Algerien, wobei er nebenbei im algerischen Rundfunk auftrat, und schrieb für TV, Film, Chansons u. a.

Bekannt wurde er mit seinen verjazzten Interpretationen vieler Werke von Johann Sebastian Bach. Auf diese ungewöhnliche Kombination kam Loussier 1959 während seines Studiums, als er unter seinen Kommilitonen schon weitreichenden Ruhm genoss, worauf er das Play Bach Trio gründete, mit dem er diese modernen Interpretationen aufführte und auf Schallplatten einspielte. Zum wie ein Klaviertrio im Jazz instrumentierten Ensemble gehörten Bassist Pierre Michelot und Schlagzeuger Christian Garros. Die vier Decca-Alben verkauften sich allein bis 1999 sechsmillionenmal.

1978 löste Loussier das Trio aufgrund zu hoher Tournee-Belastung („Ich bin reisemüde“) und dem Willen, sich eigenen Kompositionen und dem Weinbau zu widmen auf. Er zog sich in sein Chateau Miraval in der Provence zurück. Kurz darauf richtete Loussier ein eigenes Aufnahmestudio ein, wo er an Kompositionen für akustische und elektrische Instrumente arbeitete. In dieser Zeit entstand u. a. seine "Barocke Messe des 21. Jahrhunderts" namens Lumières. Er arbeitete auch mit Musikern wie Pink Floyd, Elton John, Sting, Muse, Sade, Steve Winwood und Yes zusammen. Teile des legendären Pink-Floyd-Albums The Wall wurden in seinem Studio aufgenommen.

1985, dreihundert Jahre nach der Geburt von Bach, gründete er das „Play Bach Trio“ erneut mit zwei im Jazz ausgewiesenen Partnern. Seine Begleiter in diesem zweiten „Play Bach Trio“ waren zunächst Vincent Charbonnier (Bass) und André Arpino (Schlagzeug). Als Charbonnier 1997 einen Schlaganfall erlitt, trat der Jazz-Bassist Benoît Dunoyer de Segonzac an seine Stelle. In jüngerer Zeit machte er Aufnahmen mit Interpretationen von Kompositionen von Eric Satie, Claude Debussy, Maurice Ravel, Antonio Vivaldi und anderen.

Am 28. Juli 2004 spielte das Trio im Rahmen des MDR-Musiksommers ein Konzert ausgewählter Stücke von Bach, Debussy etc. in der Thomaskirche zu Leipzig.

Glenn Gould, der legendäre Bachinterpret, soll einmal über Loussier gesagt haben: „Play Bach is a good way to play Bach”.