Im Alter von sieben Jahren begann Juanes, Gitarre zu spielen. Dabei lernte er von seinem Vater und seinen älteren Brüdern. Er verliebte sich in das Instrument und begann, sich auf traditionelle lateinamerikanische Musik zu konzentrieren.

Als Teenager entdeckte er die Metalmusik. Metallica wurde zu seiner Lieblingsband. Schnell änderte er seinen Gitarrenstil und gründete außerdem die Rock-/Metal-Band Ekhymosis. Die Band veröffentlichte sieben Alben und erreichte in Kolumbien eine sehr hohe Popularität unter den Anhängern der Rock- und Metal-Musik. Doch nach elf gemeinsamen Jahren beschloss Juanes, eine Solo-Karriere einzuschlagen, was schließlich zu seinem internationalen Durchbruch führte.

In Deutschland wurde er durch die Coverversion seines eigenen Songs La Paga, die er zusammen mit Taboo von den Black Eyed Peas produzierte, bekannt. Der Durchbruch allerdings gelang ihm 2005 mit der Single La Camisa Negra (span.: das schwarze Hemd)