Reger wird 1873 in Brand in der Oberpfalz geboren und wächst in der nahe gelegenen Stadt Weiden auf. Er erhält schon früh musikalische Unterweisung. Nach Studien bei dem berühmten Musiktheoretiker Hugo Riemann am Konservatorium in Sondershausen erleidet Reger in Folge seiner Militärdienstzeit und beruflicher Rückschläge einen nervlichen und physischen Zusammenbruch und kehrt 1898 ins Elternhaus zurück. Dort steigert sich Regers musikalische Tätigkeit wieder enorm. 1901 siedelt er nach München um, wo er sich mehr musikalische Anregungen erhofft als in der Oberpfalz.

1902 heiratet Reger die geschiedene Protestantin Elsa von Bercken, was seine Exkommunikation aus der Katholischen Kirche zur Folge hat. Die Trauung durch Pfarrer Johann Friedrich Wall fand am 7. Dezember 1902 in Bad Boll statt. Als Komponist wie als konzertierender Pianist ist Reger in dieser Zeit äußerst produktiv. 1905 wird er als Nachfolger Rheinbergers an die Akademie der Tonkunst berufen, legt sein Amt aber bereits ein Jahr später wegen Unstimmigkeiten mit dem überwiegend konservativen Lehrkörper nieder. Zu seinen Schülern zählen u.a. Joseph Haas, Johanna Senfter, Botho Sigwart zu Eulenburg, Hermann Keller, Hermann Grabner sowie der spätere Filmkomponist Willy Schmidt-Gentner.

Während eines Konzertaufenthalts in Karlsruhe empfängt Reger 1907 seine Berufung zum Universitätsmusikdirektor und Professor am Königlichen Konservatorium in Leipzig; Konzert- und Kompositionstätigkeit behält er bei. Während er schon 1908 den Posten des Universitätsmusikdirektors wieder aufgibt, übernimmt er 1911 stattdessen den Posten des Hofkapellmeisters in Meiningen, den er nach einem Schlaganfall Anfang 1914 aufgibt. Die intensive Kompositions- und Konzertiertätigkeit führt er auch fort, nachdem er 1915 nach Jena gezogen ist, von wo aus er einmal wöchentlich für seine Lehrveranstaltungen nach Leipzig fährt. Auf der letzten derartigen Reise erliegt Reger im Mai 1916 einem Herzversagen. Regers Leichnam wird 1930 von Jena auf den Münchner Waldfriedhof überführt.

Berühmtheit erlangte Reger vor allem durch seine Kompositionen für die Orgel, mit denen er die barocken Gattungen Choralvorspiel, Phantasie und Fuge sowie Passacaglia weiterentwickelte. Besonders zu erwähnen sind die kühnen Choralphantasien. Auch in den Bereichen Kammermusik (u. a. Literatur für Streicher solo), Lied, Chor- und Orchestermusik hat Reger Bedeutendes geleistet.

Reger hatte nachhaltigen Einfluss auf die Neue Wiener Schule, und er war in den 1920er Jahren der am häufigsten interpretierte zeitgenössische Komponist im deutschsprachigen Raum. Der Reger-Schüler Paul Hindemith bezeichnete Reger als „den letzten Riesen in der Musik; ohne ihn wäre ich gar nicht denkbar!“. Der 15jährige Sergei Prokofiew saß im Publikum, als Reger 1906 in Sankt Petersburg ein Konzert gab (Reger dirigierte seine Serenade G-Dur op. 95) und teilte Jahre später mit, dass er von der Wirkung des Werkes fasziniert war.

Regers Wirkung v.a. auf die komponierenden Zeitgenossen war allerdings nicht unumstritten (Strawinsky fand seine Musik ebenso abstoßend wie die Erscheinung des Komponisten [mitgeteilt in „Melos. Jahrbuch für zeitgenössische Musik“]).

Regers Kompositionen werden, auch von ihm selbst, als schwierig beschrieben, sowohl für die Interpreten als auch für die Hörer. Vor allem die Werke der mittleren Schaffensperiode zeichnen sich durch eine extreme Erweiterung der Tonalitat aus – z.B in der „Symphonischen Fantasie und Fuge“ op.57 für Orgel oder der „Violinsonate C-Dur“ op. 72 –, wie sie zuvor noch nicht erreicht wurde.

Regers Variationswerke zählen neben denen Bachs, Beethovens und Brahms' zu den bedeutendsten dieser Gattung, und auf dem Gebiet des Kontrapunkt hat Reger mit der „chromatischen Polyphonie“ Einzigartiges geleistet. Er gilt als wichtiger Verfasser von Fugen und anderen polyphonen Genres.