Scheidt wurde nach seiner ersten künstlerischen Ausbildung 1603 Hilfsorganist an der Moritzkirche in Halle. Durch Protektion war er in den Jahren 1607 bis 1608 Schüler des berühmten Jan Pieterszoon Sweelinck in Amsterdam.

Nach seiner Rückkehr 1609 berief ihn Markgraf Christian von Brandenburg als Hoforganist nach Halle. Dort schloss Scheidt 1614 Bekanntschaft mit Michael Praetorius, der im darauffolgendem Jahr am Hof in Halle Kapellmeister wurde.

1618 debütierte Scheidt im Dom zu Magdeburg mit einer Concert music. Ein Jahr später reiste er zusammen mit Michael Praetorius, Heinrich Schütz und Johann Staden zu einer Orgelabnahme nach Bayreuth.

1624 verfasste Scheidt seine Tabulatura nova. Diese Sammlung von Werken für Clavierinstrumente (Orgel, Clavichord) stellt den ersten Tastenmusik-Druck in Deutschland dar, bei dem die Partiturnotation (Kombination aus Fünflinien-Systemen) Anwendung fand.

Mit 40 Jahren heiratete Scheidt im Jahre 1627 Helena Magdalena Keller. Mit ihr hatte er sieben Kinder, von welchen nach einer Pestepidemie im Jahre 1636 nur zwei überlebten.

Mit der Flucht seines Dienstherrn vor Wallensteins Truppen wurde Scheidt im Jahre 1628 arbeitslos. Deshalb schuf man noch im selben Jahr speziell für ihn das Amt des Director musices (Musikdirektor) für die drei großen Kirchen Halles.

Durch Streitigkeiten mit Christian Gueintz, dem Rektor des Gymnasiums in Halle, verlor Scheidt im Jahre 1630 nicht nur fast sein ganzes Vermögen, sondern auch seine Stellung als Musikdirektor bei der Stadt. In Bescheidenheit arbeitete er trotzdem für die Kirche weiter und dirigierte verschiedene Aufführungen. Erst durch August (Sachsen-Weißenfels), den Nachfolger von Markgraf Christian, wurde er erneut als Hofkapellmeister angestellt.

Im Alter von 67 Jahren starb Samuel Scheidt am 24. März 1654 in Halle.

Scheidt gehört zu den wichtigsten evangelischen Kirchenmusikern des 17. Jahrhunderts. Als Organist stand er sein ganzes Leben in der Tradition Sweelincks, aber seine Symphonien zeigen schon deutlich einen modernen italienischen Stil.